Công việc sớm nhất hướng tới tiêu chuẩn hóa một cách tiếp cận cung cấp các điều khiển truy cập bắt buộc và tùy ý (MAC và DAC) trong môi trường điện toán UNIX (chính xác hơn là, POSIX) có thể được quy cho Trusted UNIX (TRUSIX) Working Group của NSA, với các buổi họp từ năm 1987 đến năm 1991 và xuất bản cuốn Rainbow Book (#020A), và tạo ra một mô hình chính thức và nguyên mẫu đánh giá bằng chứng liên quan (#020B) về cơ bản chưa được xuất bản.

SELinux được thiết kế để chứng minh giá trị của giá trị của các điều khiển truy cập bắt buộc đối với cộng đồng Linux và cách các điều khiển đó có thể được thêm vào Linux. Ban đầu, các bản vá tạo nên SELinux phải được áp dụng rõ ràng cho mã nguồn nhân Linux; SELinux đã được hợp nhất vào dòng chính của nhân Linux trong series 2.6 của nhân Linux

NSA, nhà phát triển chính ban đầu của SELinux, đã phát hành phiên bản đầu tiên cho cộng đồng phát triển nguồn mở theo GNU GPL ngày 22 tháng 12 năm 2000.[6] Phần mềm đã được sáp nhập vào nhân Linux chính 2.6.0-test3, được phát hành vào ngày 8 tháng 8 năm 2003. Những người đóng góp đáng kể khác bao gồm Red Hat, Network Associates, Secure Computing Corporation, Tresys Technology, và Trusted Computer Solutions. Các port thử nghiệm của FLASK/TE đã được cung cấp thông qua TrustedBSD Project cho các hệ điều hành FreeBSD và Darwin.

SE Linux triển khai Flux Advanced Security Kernel (FLASK). Một hạt nhân như vậy chứa các thành phần kiến trúc được tạo mẫu trong hệ điều hành Fluke. Chúng cung cấp hỗ trợ chung để thực thi nhiều loại chính sách kiểm soát truy cập bắt buộc, bao gồm các chính sách dựa trên các khái niệm thực thi loại, kiểm soát truy cập dựa trên vai trò và bảo mật đa cấp.FLASK, lần lượt, dựa trên DTOS, Hệ điều hành tin cậy phân tán có nguồn gốc từ Mach, cũng như Trusted Mach, một dự án nghiên cứu từ Trusted Information Systems có ảnh hưởng đến việc thiết kế và triển khai DTOS